تم خلال عام 2005 اعتماد الهيكل التنظيمي الجديد للهيئة والذي يتسم بكونه يطبق المنهج التنظيمي المتبع في تنظيم هيئات أسواق المال في الأسواق المتقدمة من حيث الفصل بين مستوى وضع السياسات والقواعد واتخاذ الإجراءات المقررة ضد الشركات المخالفة للتشريعات والقواعد المنظمة "وهو مجلس إدارة الهيئة" وبين مستوى تنفيذ السياسات ومتابعة تطبيق القواعد "وهم موظفو الهيئة"، وقد اتسم هذا الهيكل التنظيمي بتفصيل وتحليل الوظائف الرئيسية للهيئة وهي كما يلي:

تضمن الهيكل التنظيمي الجديد قطاع يطلق عليه "قطاع تمويل وحوكمة الشركات" "Corporate Finance & Corporate Governance" ويشمل ذلك تلقي وفحص نشرات الاكتتاب العام و عروض الشراء ومذكرات الطرح الخاص للأوراق المالية بما في ذلك وثائق صناديق الاستثمار والرقابة على ما تقوم به الشركات المصدرة من عمليات الإفصاح الدوري وغير الدوري اللاحق على إصدار الأوراق المالية وقيدها للتداول بالبورصة. وقد تضمن هذا القطاع وحدات ادارية جديدة مستحدثة لاول مرة من بينها وحدة متخصصة لدراسة عروض الشراء وطلبات الاندماج والاستحواذ ووحدة اخرى متخصصة في مجال الافصاح وحوكمة الشركات

تضمن الهيكل التنظيمي الجديد قطاع جديد يطلق عليه "قطاع تنظيم السوق" وهو مسئول عن وضع ومراجعة قواعد قيد وتداول الأوراق المالية وتسوية المعاملات في سوق الأوراق المالية والترخيص للشركات العاملة في مجال الأوراق المالية ومتابعة التزامهم من خلال التقارير الدورية التي تقدم للهيئة والتفتيش الميداني لفحص الدفاتر والسجلات والملفات Compliance & Inspection ومنح التراخيص اللازمة للشركات العاملة في مجال الأوراق المالية والعاملين بهذه الشركات، وأيضاً الإشراف على المنظمات ذاتية الرقابة Self Regulatory Organizations "كبورصات الأوراق المالية وشركة مصر للمقاصة والتسوية والإيداع المركزي" لتحديد صلاحياتها واعتماد القواعد المنظمة لعضوية هذه المنظمات ومتابعة قيامها بوظائفها الرقابية تجاه أعضائها.
وقد تضمن هذا القطاع وحدات ادارية جديدة مستحدثة لاول مرة من بينها الإدارة العامة لمراقبة المنظمات ذاتية التنظيم، والادارة العامة لمنح التراخيص للعاملين في الشركات العاملة في مجال الاوراق المالية، وكذلك الادارة المركزية للتفتيش على الشركات العاملة في مجال الاوراق المالية بكافة تخصصاتها وانشطتها

تضمن الهيكل التنظيمي الجديد قطاع يطلق عليه "قطاع الرقابة على السوق" يشمل مراقبة عمليات التداول بالسوق الثانوي والتحقيق في المخالفات التي يتم تحديدها من خلال الرقابة على الإفصاح ومراقبة التداول والتفتيش والمخالفات التي تكتشفها الجهات ذاتية الرقابة وتحيلها إلى الهيئة وذلك بالإضافة إلى ما يرد للهيئة من شكاوى من جمهور المستثمرين. وقد تضمن هذا القطاع وحدات ادارية جديدة مستحدثة لاول مرة من بينها ادارة الشكاوى والتظلمات، والادارة العامة للرقابة على الشركات بمفهومها الجديد للرقابة على التزام الشركات بتطبيق مبادئ الحوكمة الدولية والمنصوص عليها في مختلف التشريعات الحاكمة لسوق المال المصري ومن بينها قانون سوق المال وقانون الايداع والقيد المركزي ولائحتهما التنفيذية وقواعد قيد واستمرار قيد وشطب الشركات المصدرة بالبورصة.

وبالإضافة إلى الوظائف الأساسية السابق ذكرها فقد تضمن الهيكل التنظيمي الجديد عدد من القطاعات والإدارات المركزية المكملة لعمل الهيئة مثل قطاع الأسواق والمنظمات المالية الدولية ونظم المعلومات والشئون القانونية، والشئون المالية والإدارية والأفراد، وقطاع شئون رئاسة الهيئة الذي يتضمن عددا من الوحدات الادارية المستحدثة ومن بينها : (ادارة البحوث، وادارة تقييم المخاطر، وادارة التخطيط والمتابعة، وادارة الاتصالات وتوعية المستثمر، ووحدة خدمة المتعاملين مع الهيئة، وإدارة تنمية الموارد البشرية).